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La signora Brisby, una topa vedova, vive in un blocco di cenere con i suoi figli nella fattoria Fitzgibbon. Si sta preparando a trasferire la sua famiglia fuori dal campo in cui vivono mentre si avvicina il momento dell'aratura, tuttavia suo figlio Timothy si è ammalato e spostarlo potrebbe rivelarsi fatale. La signora Brisby fa visita a The Great Owl, una saggia creatura che le consiglia di visitare un misterioso gruppo di topi che vive sotto un cespuglio di rose nella fattoria. Dopo aver visitato i topi, Brisby incontra Nicodemus, il saggio e mistico leader dei topi, e Justin, un topo amichevole che si affeziona immediatamente alla signora Brisby. Mentre è lì, viene a sapere che il suo defunto marito, il signor Jonathon Brisby, insieme ai topi, faceva parte di una serie di esperimenti in un luogo noto solo come N.I.M.H. (rivelato in precedenza nella storia come National Institute of Mental Health). Gli esperimenti eseguiti su topi e ratti hanno potenziato la loro intelligenza, consentendo loro di leggere senza essere istruiti e di comprendere cose come la meccanica complessa e l'elettricità. I topi e il signor Brisby sono fuggiti dal N.I.M.H. e venne ad abitare nella fattoria Fitzgibbon. I topi hanno creato una casa per se stessi sotto il cespuglio di rose della signora Fitzgibbon, creando un'elaborata abitazione di belle camere, ascensori e luci di Natale. Tuttavia, i topi sono scontenti della loro dipendenza dagli umani, da cui stanno rubando l'elettricità, e hanno escogitato un piano per lasciare la fattoria e vivere in modo indipendente. A causa della precedente relazione di suo marito con i topi, accettano di aiutare la signora Brisby a spostare la sua casa fuori dal percorso dell'aratro. Tuttavia, il malvagio Jenner e il suo riluttante complice Sullivan, che desiderano rimanere sotto il cespuglio di rose, complottano per uccidere Nicodemus durante il trasferimento.
